隨著高通量生物技術(shù)的蓬勃發(fā)展和普遍應(yīng)用,越發(fā)多的研究證實(shí)長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lncRNA)在各種生物過(guò)程中起著關(guān)鍵作用并與多種復(fù)雜疾病存在關(guān)聯(lián)。因此,預(yù)測(cè)潛在的lncRNA-疾病關(guān)聯(lián)不僅有助于在lncRNA水平上揭示疾病的分子機(jī)制,而且還有助于生物標(biāo)志物的發(fā)掘,進(jìn)一步促進(jìn)疾病的預(yù)防、診斷和治療。近年來(lái),已提出了各種機(jī)器學(xué)習(xí)模型來(lái)預(yù)測(cè)lncRNA-疾病關(guān)聯(lián),基于數(shù)據(jù)融合的方法普遍取得最優(yōu)的效果。早期的方法通過(guò)簡(jiǎn)單的分子屬性向量拼接融合數(shù)據(jù)進(jìn)而識(shí)別lncRNA-疾病關(guān)聯(lián),但忽略了不同類型數(shù)據(jù)源的內(nèi)在特性并造成維度爆炸等問(wèn)題�；诜诸惼骷傻谋O(jiān)督學(xué)習(xí)為不同的數(shù)據(jù)源分別建立不同的模型再集成這些模型進(jìn)行l(wèi)ncRNA-疾病關(guān)聯(lián)預(yù)測(cè),但這種集成模型易受低質(zhì)量基礎(chǔ)模型的影響。多視圖學(xué)習(xí)可也可融合異質(zhì)數(shù)據(jù)進(jìn)行l(wèi)ncRNA-疾病關(guān)聯(lián)預(yù)測(cè),但是該類方法必須將與lncRNA或疾病相關(guān)聯(lián)的多源數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為其同質(zhì)數(shù)據(jù),存在轉(zhuǎn)換信息損失。基于矩陣分解的數(shù)據(jù)整合技術(shù)可以保持異質(zhì)數(shù)據(jù)源的內(nèi)部結(jié)構(gòu),但是無(wú)法差異性整合數(shù)據(jù)源,或者更傾向于選擇稀疏的數(shù)據(jù)源進(jìn)行融合,降低了整合效果。因此,研究高效的基于多源數(shù)據(jù)融合的lncRNA-...

【文章頁(yè)數(shù)】：107 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖3-2WMLDA的lncRNA-疾病關(guān)聯(lián)預(yù)測(cè)結(jié)果

牟僮骰岣哺塹粽廡┮熘適?菰吹謀舊斫峁�。而RWRlncD獲得了較低的AUROC和AUPRC。這是因?yàn)镽WRlncD僅使用了已知的lncRNA-疾病關(guān)聯(lián)來(lái)預(yù)測(cè)潛在的lncRNA-疾病關(guān)聯(lián)。圖3-2中的實(shí)驗(yàn)結(jié)果證明，與僅使用單一數(shù)據(jù)源的算法相比，基于多源數(shù)據(jù)融合方法在預(yù)測(cè)lncRNA-....

圖3-3WMFLDA在每對(duì)和的取值變化下的AUPRC

西南大學(xué)碩士學(xué)位論文46從圖3-3中可以看出，當(dāng)7=10和=106時(shí)，WMFLDA取得最高的AUPRC。由圖3-3所示，的取值會(huì)顯著影響算法的性能，AUPRC值隨的增加而增加，并在410時(shí)達(dá)到平穩(wěn)狀態(tài)。這是因?yàn)楫?dāng)值過(guò)小，異質(zhì)關(guān)聯(lián)矩陣的權(quán)重也被分配的很小，導(dǎo)致目標(biāo)關(guān)聯(lián)矩陣(lncR....

圖3-4WMFLDA在不同取值下的同質(zhì)關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)權(quán)重分配5(1)

西南大學(xué)碩士學(xué)位論文46從圖3-3中可以看出，當(dāng)7=10和=106時(shí)，WMFLDA取得最高的AUPRC。由圖3-3所示，的取值會(huì)顯著影響算法的性能，AUPRC值隨的增加而增加，并在410時(shí)達(dá)到平穩(wěn)狀態(tài)。這是因?yàn)楫?dāng)值過(guò)小，異質(zhì)關(guān)聯(lián)矩陣的權(quán)重也被分配的很小，導(dǎo)致目標(biāo)關(guān)聯(lián)矩陣(lncR....

圖3-5WMFLDA的收斂曲線

ㄖ匚?0，并且當(dāng)6=10時(shí)，WMFLDA取得最高的AUROC和AUPRC。之所以會(huì)拋棄掉部分同質(zhì)關(guān)聯(lián)矩陣，是因?yàn)檫@些矩陣相較于所選擇的同質(zhì)關(guān)聯(lián)矩陣來(lái)說(shuō)，其內(nèi)部噪聲較高，并且所選擇的同質(zhì)關(guān)聯(lián)矩陣具有更可靠的內(nèi)部關(guān)聯(lián)來(lái)對(duì)lncRNA-疾病關(guān)聯(lián)進(jìn)行準(zhǔn)確預(yù)測(cè)。因此，上述實(shí)驗(yàn)證明了WMFL....

本文編號(hào)：4000169