目的:了解廣西龍虎山獼猴諾如病毒和星狀病毒的感染狀態,分析其全基因組序列、探討遺傳進化及與人類間的關系。方法:采用RT-PCR方法對收集的廣西龍虎山獼猴糞便標本進行諾如病毒和星狀病毒篩查,挑選陽性標本各一份進行基因擴增、克隆、測序、拼接,獲得基因組全長。通過GenBank中Blastx在線比對分析,利用MEGA6.0軟件進行多序列比對及遺傳進化分析。結果:1.篩查發現,400份標本中諾如病毒陽性2份,陽性率為0.5%;星狀病毒1份,陽性率為0.25%。2.獲得的諾如病毒基因組全長為7565nt（包括PloyA尾）,分為三個 ORFs:ORF1（10～5112nt）、ORF2（5093～6715nt）和 ORF3（6715～7494nt）。全基因組分析顯示其與人GII.17型諾如病毒CUHK-NS-613（GenBank 登錄號:KU561248）同源性最高（99.5%）。ORF1、ORF3區核苷酸和氨基酸序列都與CUHK-NS-613同源性最高（99.5%和 99.4%,99.5%和 99.2%）;ORF2 區與人GⅡ.17 型諾如病毒CUHK-NS-491（GenBank登錄號:KP... 

【文章來源】：湖南師范大學湖南省 211工程院校

【文章頁數】：67 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖２－１?—步法ＲＴ－ＰＣＲ驗證出的ＧＩＩ?．１７型諾如病毒陽性標本??注：１和２為陽性標本；３為陽性對照；４為陰性對照；Ｍ為ＤＬ５０００Ｍａｒｋｅｒ??

?廣西獼猴糞便中諾如病毒與星狀病毒的全基因組序列分析???２．２全基因序列擴增和拼接??本實驗選擇其中一份ＧＩＩ．１７型諾如病毒陽性糞便標本進行全基因序列的擴??增，命名為ＧＸ２１３。經相應的特異性引物擴增后分別獲得了?５個特異性ＰＣＲ片??段，長度分別為?１６８４ｎｔ、１５１１ｎｔ、１３２３ｎｔ、１４８３ｎｔ?和?２５００ｎｔ，利用?ＤＮＡＳｔａｒ?中的??ＳｅｑＭａｎ軟件將分段獲得的基因片段進行序列拼接得到全基因組序列，長度為??７５６５ｎｔ。經和其它ＧＩＩ．１７型諾如病毒序列比對發現，ＧＸ２１３可分為３個ＯＲＦｓ、??５，／３’ＵＴＲ?和?ＰｌｏｙＡ?尾：ＯＲＦ１（１０？５１１２ｎｔ）、ＯＲＦ２（５０９３？６７１５ｎｔ）和?ＯＲＦ３（６７１５？??７４９４ｎｔ），其中?ＯＲＦ１?與?ＯＲＦ２?之間重疊?２０ｂｐ，０ＲＦ２?和?ＯＲＦ３?之間重疊?１?ｂｐ。ＧＸ２１３??基因結構圖如圖２－２所示。此序列已被ＮＣＢ１的ＧｅｎＢａｎｋ數據庫所收錄（ＧｅｎＢａｎｋ??登錄號：ＭＦ９１８３５９）。??

??變位點相比，ＧＸ２１３也沒有氨基酸變化，如圖２－４所示。同時發現，ＧＸ２１３比??ＩＩＩ亞群中Ｅａｒｌｉｅｒ?ＧＩＩ．１７?２０１３－２０１４群病毒株ＶＰ１區多２個氨基酸，比ＩＩ亞群病毒??少１個氨基酸，而與Ｉ亞群病毒ＶＰ１區氨基酸長度相同。??Ｅｐｉｔｏｐｅ?Ａ?Ｓｉｔｅ?Ｉ?Ｅｐｉｔｏｐｅ?Ａ?Ｓｉｔｅ?ＩＩ?Ｅｐｉｔｏｐｅ?Ｄ?Ｅｐｉｔｏｐｅ?Ｅ?Ｓｉｔｅ?１１１??２９４?２９６?２９８?３４７?３６８?３７２?３７４?３９３?３９４?４０７?４４０????？?＊?＾?＾?？?＝?？?？?？?：?＝??Ｉ?８?４１?１５４?１７１?２２１?２４４?：４５?２５８?２７４?２７５?２Ｓ０?２８２?２９３?２９４?２％?２９８?３２０?３３３?３４２?３４７?３６２?３６８?３７０?３７２?ｍ?３７４?３７７?３８０?ｍ?３９４?４００?４０７?４１４?４４０?４４Ｊ?Ｍ?５０５?５３０?５４０??＾ｓｆ＾／Ｈｎ＇Ｇｉｉ．ｎ／ＨＫＧａｏｉｒＭｌＶＴ＾ＩＴＴＱＺＴＰＧＱｌＱＤｌＧ＾ｌＴｓＮＲＴＹＤＳＴＳＴ＾ＬＣＧＹＷ＾??ＫＸ３Ｓ６＿？ｋ?ＧＩＩ．丨７／ＣＨＸ／２。丨ＷＸ?▽丁萬ＩＴ７?Ｑ?萬??ＭＢｉ８３５９／Ｍｋ／Ｇｉｉ．ｉ７／ＣＨＮｙ２０ｉ５＂?Ｍ?Ａ?Ｖ?１?Ｑ?Ｅ?ｖ｜｜ｑ?Ｇ＾Ｔ?Ｐ?Ｇ?Ｑ?Ｉ?Ｑ?Ｄ?Ａ?Ｇ?Ｎ?７７?Ｓ?Ｎ?Ｒ?１?Ｓ?Ｄ?Ｑ?Ｄ?丘ＵＭｉ??丨丨、?■丨丁?丨丨＇?丨??圖２－４?ＧＸ２１３?ＶＰ?１區氨基酸序列分析??３．討論??自２００２年以來，ＧＩＩ．４型諾如病毒一直在全球暴發流行的腹瀉病中占優勢地??位


本文編號：2909462