鮸魚（Miichthys miiuy）是一種具有重要經濟價值的海洋水產魚類,屬于石首科,主要分布在太平洋西北部:從日本海西部到中國東海區域。近年來,鮸魚被廣泛養殖,但是,其養殖規模一直受到許多病原菌和寄生蟲帶來的各種感染性疾病所限制。目前,基于鮸魚轉錄組和EST測序數據,許多免疫相關基因已展開研究。MicroRNA（miRNA）是一大類內生非編碼小分子RNA（small RNA,sRNA）,它能夠通過不完全互補配對形式靶作用于信使RNA（mRNA）,并可在轉錄后水平上通過抑制mRNA翻譯或者誘導mRNA降解的方式調控各種生理過程。研究表明miRNA在宿主對抗各種病原體感染過程中起到關鍵作用。作為一種革蘭氏陰性,鰻弧菌（Vibrio anguillarum）是鮸魚養殖過程中一種常見的病原菌。為了鑒定在鰻弧菌侵染時起到免疫調控作用的mi RNA,我們對健康的鮸魚和受鰻弧菌侵染的鮸魚的脾臟組織進行了sRNA轉錄組測序。本研究通過sRNA轉錄組測序,得到的主要結論如下:1.構建了兩個sRNA文庫并通過Illumina高通量測序平臺進行測序。經過低質量序列的過濾,在對照組（control gro... 

【文章來源】：浙江海洋大學浙江省

【文章頁數】：72 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

動物樣品的實驗流程

圖 2-2 信息分析流程Fig 2.2 Data analysis process2.1.4.3 測序數據質量評估及過濾Illumina 測序得到的原始圖像數據經 base calling 轉化為序列數據，我們稱之為原始數據(raw data 或 raw reads)，結果以 fastq 文件格式存儲。為了保證數據質量，在信息分析前要對原始數據進行質量評估，并且通過數據過濾來減少數據噪音。首先，為了保證測序的可靠性，根據質量評估結果過濾掉低質量序列，主要是那些原始數據中堿基質量小于 10 的堿基數超過 4 個同時堿基質量小于 13 的堿基數超過 6 個的序列。其次，過濾掉原始數據中無插入片段序列、插入片段過長的序列、poly(A)序列、長度小于 15 nt 的小片段序列、5′或 3′接頭污染序列。原始數據經過質量評估和過濾后得到干凈序列(clean reads)。2.1.4.4 樣本序列統計及長度分布

鮸魚鰻弧菌感染相關 microRNA 的鑒定及分析為了檢測兩個樣本測序整體上的一致性，我們統計了兩個 cDNA 文庫之間公共序列和特有序列的種類(用 unique 表示)及總量(用 total 表示)分布情況(見圖 2-3)。在 CG與 IG 兩個樣本間，公共序列的種類僅占 15.8%，但是公共序列的總量占兩個庫 cleanreads 總數(23,202,586)的 97.7% (22,672,335)，這表明我們構建的文庫在測序整體上的一致性是比較好的。一般不同樣品間序列種類上的差異比較大，但公共部分的序列其表達比較集中。


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