腸炎病是海馬人工養(yǎng)殖過程中常見病害,主要是細(xì)菌感染而引起的,其傳染性強(qiáng)、危害性高。因此,解析患腸炎病海馬腸道中的細(xì)菌菌群組成對(duì)于海馬腸炎病的診斷以及防治有著重要意義。采集健康和患腸炎病的膨腹海馬腸道組織,采用細(xì)菌16Sr DNA片段高通量測(cè)序和生物信息學(xué)分析手段,探究患腸炎病海馬的腸道細(xì)菌結(jié)構(gòu)特征。結(jié)果表明,健康和腸炎病海馬之間的腸道菌群多樣性和結(jié)構(gòu)均存在顯著差異。從屬水平上來看,患病海馬的腸道優(yōu)勢(shì)菌種為弧菌屬Vibrio、漫游球菌屬Vagococcus、分枝桿菌屬M(fèi)ycobacterium,健康海馬的腸道優(yōu)勢(shì)菌種為玫瑰菌屬Roseibium、擬桿菌目-未分類Bacteroidales_unclassified、弧菌屬Vibrio、嗜冷菌屬Psychrobacter,健康海馬和患病海馬中的共有屬包括弧菌屬Vibrio、別弧菌屬Aliivibrio、擬桿菌目-未分類Bacteroidetes_unclassified、發(fā)光桿菌屬Photobacterium。與健康海馬腸道菌群相比,患病海馬腸道中的弧菌屬Vibrio、別弧屬菌屬Aliivibrio的...

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圖5健康與患病海馬腸道的差異細(xì)菌菌群

為了進(jìn)一步解析健康與患病海馬在屬水平上的細(xì)菌群落組成的差異性，將兩組樣本利用STAMP進(jìn)行顯著性差異分析。由圖5可以看出，健康海馬與患病海馬存在明顯差異，在患病海馬中，弧菌屬Vibrio、漫游球菌屬Vagococcus、分枝桿菌屬M(fèi)ycobacterium、黃桿菌屬Tenacib....

圖1腸道DNAPCR擴(kuò)增結(jié)果

對(duì)于健康與患病海馬腸道提取總細(xì)菌DNA后，使用細(xì)菌特異性引物進(jìn)行了PCR擴(kuò)增，結(jié)果如圖1所示。從圖1可見，6個(gè)樣品的PCR產(chǎn)物條帶大小正確，并且總量符合測(cè)序建庫要求。進(jìn)一步使用illuminaHiseq進(jìn)行上機(jī)測(cè)序，6個(gè)樣品得到的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)如表1所示。對(duì)6個(gè)樣品的測(cè)序數(shù)據(jù)經(jīng)過OT....

圖3基于屬水平的健康與患病海馬腸道菌群相對(duì)豐度

其次，在細(xì)菌分類的屬水平上，共鑒定出19個(gè)主要屬。其中患病海馬的腸道優(yōu)勢(shì)菌種為弧菌屬Vibrio、漫游球菌屬Vagococcus、分枝桿菌屬M(fèi)ycobacterium、β變形菌綱-未分類Betaproteobacteria＿unclassified、黃桿菌屬Tenacibacul....

圖4主成分分析不同樣品群落結(jié)構(gòu)

為了解析健康與患病海馬腸道的細(xì)菌群落組成的差異性，將所有的6個(gè)樣品根據(jù)OTU的類型進(jìn)行了主成分分析，結(jié)果如圖4所示。從圖4可以看出，所有的6個(gè)樣品可以明顯分成2群，一群為健康海馬腸道樣品，另一群為患病海馬腸道樣品，表明2群樣品之間有明顯的差異性。其中健康海馬腸道樣品聚類較為集中，....

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