龍須菜是一種重要的產瓊膠海藻,對其繁殖發育的研究將有助于了解龍須菜的生長,有助于育種。本研究對龍須菜不同育性品系(981和魯龍1號)在不同發育階段的表達譜數據,采用加權基因共表達網絡分析(WGCNA)方法構建基因共表達網絡,共獲得32個模塊。其中,模塊最大基因數量為2 577個,最小基因數為66個。經過篩選發現與品系相關的模塊(以0.7為閾值)共5個,涉及基因共2 301個,對模塊基因進行GO功能富集分析,結果表明主要富集以下功能上:信號轉導、轉運、細胞分化、翻譯、細胞穩態、生物合成過程等。981品系與魯龍1號品系的富集結果對比表明981品系在孢子放散過程中生物活性不高,生物合成水平較低,內環境穩態較差。經過KEGG富集,篩選到21個與981品系II期四分孢子形成相關的備選基因,主要富集到DNA復制和染色體形態變化等與細胞周期相關的功能上,表明981品系在孢子形成時期的細胞分裂可能出現異常。本文結果為進一步深入揭示龍須菜四分孢子體發育分子調控機制提供思路和導向。

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【部分圖文】：

圖1龍須菜轉錄本KEGG代謝通路注釋(A)與GO注釋(B)二級分類統計

對18個樣品的差異表達基因的表達矩陣進行提取后聚類。初步聚類分析后,為確保分析結果的嚴謹和可靠性,確定采納具有較高相關性的樣品,去除皮爾遜相關系數小于0.95的樣品,每個取樣階段保留2個生物學平行。對樣品之間相關性進行統計見圖2,除981.IV組樣品,相關性為0.89。其他樣品相....

圖1龍須菜轉錄本KEGG代謝通路注釋(A)與GO注釋(B)二級分類統計

圖1龍須菜轉錄本KEGG代謝通路注釋(A)與GO注釋(B)二級分類統計將構建好的樣品FPKM表達矩陣導入WGCNA軟件包,進行gsg數據過濾,共去除857個數據不良的基因,剩余12569個基因進行后續分析。

圖26組龍須菜樣品相關性分析

將構建好的樣品FPKM表達矩陣導入WGCNA軟件包,進行gsg數據過濾,共去除857個數據不良的基因,剩余12569個基因進行后續分析。2.2基因共表達網絡構建

圖3WGCNA基因層次聚類樹和模塊構建（A）及模塊與特征相關性分析（B)

將3個模塊內的基因進行KEGG代謝通路富集(見圖8)。3個模塊中均有富集到CellularProcesses相關的代謝通路,如Magenta模塊富集到溶酶體(Lysosome)(ko04142,P=0.006899873)和干細胞全能型調節信號通路(Signalingpa....

本文編號：3996082