蒙古各部從俺答汗開始，歷來尊崇黃教，外蒙古也不例外。據1924年統計，該地有寺廟2565所，喇嘛共105577名，占全民族男子總數的“百分之四十四”。對于這樣一個實力強大的外蒙古黃教勢力，晚清政府對其采取什么樣的政策無疑會牽動外蒙古的政局。學術界關于這一研究，以往尚少涉及，仍有進一步研討的空間。

　　清朝初期，歷代皆尊崇黃教。其尊崇黃教的主要目的就是把黃教作為“馭藩之具”，尤其是利用黃教來控制蒙古各部。乾隆帝在其《喇嘛說》一書中直言其事稱：“興黃教即所以安眾蒙古，所系非小，故不可不保護之。”

　　外蒙古在明末清初，被稱為喀爾喀。外蒙古歸附大清的過程中，黃教及哲布尊丹巴所起的作用尤大。其內附清廷，源于準噶爾部噶爾丹的入侵。當時，“喀爾喀眾議，就近投入俄羅斯，”但是，他們最后“請決于哲布尊丹巴胡圖克圖，胡圖克圖日：‘俄羅斯素不奉佛教，俗尚不同我輩，異言異服，殊非久安之計，莫若全部內徙投誠大皇帝，可邀萬年之福。

　　眾欣然羅拜，議遂決。”由于哲布尊丹巴在內附過程中功勞卓著，清廷表揚他說：“哲布尊丹巴胡圖克圖，黃教中第一流人也”(《外蒙古喀爾喀總序》）。故康熙皇帝曾幾次說，“朕未見過在喇嘛當中勝過哲布尊丹巴胡圖克圖者”。此后，“歷朝皆加優禮，建寺立碑，推挹之者無所不至。”

　　乾隆帝平定新疆以后，其認為“北路已蕩平”“已無顧忌”，“又恐哲布尊丹巴之權力過重，難于懾服” ，遂對哲布尊丹巴的權力作了一些限制。如令其轉世于西藏地區，設庫倫辦事大臣，“護理庫倫，兼轄眾僧”等。可以說，清政府對外蒙古黃教，“降及中葉，禮儀漸衰”。

　　到了晚清，清政府對外蒙古黃教一改以往尊崇的政策，轉而采取疏遠的態度。以往哲布尊丹巴活佛定期朝覲清帝和達賴喇嘛，清政府依例報銷其往返路費，而且賞賜有加。但節儉成癖的道光帝，卻取消了這一成例。1830年五世哲布尊丹巴胡圖克圖要求進京朝覲，道光皇帝諭令：“費用須自備，隨行者務宜少數。”從道光開始，此后六世到八世的哲布尊丹巴再也沒有覲見過清帝。可以說，哲布尊丹巴失去了以往清帝給他們的尊崇與殊榮。

　　七世哲布尊丹巴，“每日均在郊外從事畋獵，畢則駐于郊外之宮殿，張盛宴，嗜煙酒，宗教各事，無所顧問矣。”( 為約束其不檢點的行為，1866年庫倫辦事大臣頒布命令說：“茍為喇嘛，其行為有與為僧之身格不相應者，當受裁判所之處罰。”黃教內部的事務本應歸屬哲布尊丹巴管理，然而經此一變，庫倫辦事大臣對喇嘛僧眾也有法律上的約束權力了。不但如此，就連至高無上的哲布尊丹巴胡圖克圖也要受制于庫倫辦事大臣，其政治地位被進一步降低。1878年庫倫辦事大臣志剛修訂了大臣覲見哲布尊丹巴政治上的禮儀，規定覲見時不再跪拜，“僅交換哈達，并令哲布尊丹巴起立迎接之”。

　　進一步貶低哲布尊丹巴政治上的形象，提高大臣的地位。而以往，對哲布尊丹巴，“定制，庫倫大臣必致敬禮”。所以，八世哲布尊丹巴難以接受這種待遇，筆耕論文新浪博客，經常輪流居住額爾德尼召和慶寧寺，以躲避大臣的監督。

　　哲布尊丹巴的政治地位及形象不斷被清政府貶抑，因此其對清廷的態度相應地發生了變化。清廷庫倫辦事大臣桂斌1896年7月上奏說：“哲布尊丹巴驕蹇跋扈， 與辦事大臣積不相能。”(卷五百二十一“藩部四” 然而，其為“全蒙之教長也，為蒙古諸王之盟主”，“外蒙喇嘛王公士庶，莫不俯首稱弟子，禮敬若神明焉。”。 哲布尊丹巴深受外蒙僧俗所擁護，而清政府對其態度由尊崇變為貶抑，這不僅令其本人難以接受，亦令外蒙僧俗各界產生不滿。當三多就任庫倫辦事大臣以后，“與諸活佛極端反對，諸活佛銜之人骨”。

　　在舊歷1910年3月，喇嘛僧眾與庫倫辦事大臣三多發生了直接對抗。事情的原委是，三個喝醉酒的喇嘛因購木料與德義涌木廠漢人爭吵，繼而聚眾搶劫了該廠，三多親往彈壓，拘捕首犯僧人。眾喇嘛惱羞成怒，聚集數千人向三多乘輿投石抗捕，并于途中搶回被捕喇嘛。三多責令沙比衙門交出“正犯”，哲布尊丹巴求見三多，懇請從寬處理。三多拒絕活佛的請求，將所捕喇嘛一律定罪，并責令沙比衙門賠償損失七百八十兩白銀。“一時蒙人以為三多仇視黃教，咸切齒痛心焉。”哲布尊丹巴又派特使人京要求免黜三多，清廷對此置之不理。故外蒙古僧俗與中央隔閡日深，對清廷更加不滿。

　　外蒙古人心丕變，其勢已不可逆轉。在外蒙古王公喇嘛的眼里認定清政府為了推行新政，開始壓制和仇視黃教。清政府為了推行新政，把在外蒙古盛行的喇嘛教視為“主要障礙”，“北京政府準備封閉該地大部分佛教寺院。”所以，1911年7月他們為“保護我們的黃教”，求助于沙皇俄國，以期獨立，“黃教就會繁榮昌盛。”蒙古人信仰黃教，歷時久遠。對于達賴喇嘛，“喀爾喀及內部落各王公皆尊信之，為佛教大宗。”但近代以來，達賴喇嘛因英軍入侵西藏問題與清廷駐藏大臣發生矛盾。其在1904年的抗英斗爭中出走西藏，避難于庫倫。清政府這時采納了駐藏大臣有泰的意見，“以達賴事前不遵約束，臨行復宵夜潛逃，遂糾參多款，奉旨暫行革去名號，以示懲儆。” 而蒙古王公對清政府“革除”達賴名號這種做法，表示非常不滿。清政府革除達賴名號，“閣抄到庫侖時，第八世哲布尊丹巴胡圖克圖以下，莫不危懼。皆謂權力如達賴喇嘛者，國家待之尚且如此，若對于哲布尊丹巴胡圖克圖，更當如何?”當時為官在外蒙多年的陳崇祖亦觀察稱：“其一時兔死狐悲之態，真有不可以言語形容者。于是急謀所以反抗之方，思圖擴充武力。”“為圖自救，乃于所居河灘廟內，屯有無數快槍，攜貳之心，從此而生。”。1910年因新軍人藏問題又引發了西藏地區的騷亂，該年2月達賴喇嘛出走印度，投靠英國政府。

　　“清政府諭令褫奪第十三輩達賴喇嘛封號，另覓正身。”( 清政府這種草率行為，不獨令達賴喇嘛投敵叛國之心更加堅決，也令信仰黃教的蒙民大失所望。如“新疆巡撫，伊犁將軍，烏里雅蘇臺、科布多、塔爾巴哈臺、庫倫、阿爾泰諸辦事參贊大臣等，聯名電奏，謂蒙古人民不以朝廷舉動為然，請召還已革達賴，以鎮撫之，”然而清政府不予理會。于是，在1911年西藏地方混亂不寧，地方不靖的時候，外蒙古于該年7月也醞釀獨立建國。

　　外蒙古在俄羅斯的幫助下，于1911年l2月成立了“大蒙古國”。1913年1月上旬，達賴喇嘛派遣的代表德爾智在庫倫與之會商，期以互相支持“獨立”。其中，哲布尊丹巴提出的條件：“有達賴與英協商對抗中國之方法”，“協力保衛庫倫”，“締結蒙藏同盟”等。最后，雙方簽訂了《蒙藏協定》。《蒙藏協定》的條款有：“達賴喇嘛承認蒙古之實權，并承認辛亥十一月九日宣言，為黃教主活佛之獨立國。”

　　“蒙古政府承認西藏為自治國，達賴喇嘛為宗教主。”“兩國為互圖黃教昌明起見，當執行一切之處治。”。 等。可見，兩者因為有共同的藏傳佛教信仰而相互支持，“決定為普及佛教齊心協斗”(《日本駐俄國田付臨時代理大使致桂兼任外務大臣電第l0號密電》)《蒙藏協定》的簽訂，使蒙古人感到滿意的是，當然協約的締結對其全體教民的偉大感化，(《 本駐華伊集院公使致本加藤外務大臣第60號公電》 俄國駐庫，十倫領事廓索維慈說，這“可鞏固胡圖克圖在俗界所取得的尊嚴和地位。”“本駐俄國田付臨時代理大使致桂兼任外務大臣電第 號密電 。 換言之，在西藏地方黃教勢力的支持下，外蒙古上層喇嘛獨立的信心更加堅決。1913年10月，在俄國的干涉下，中國與俄國簽訂了《中俄聲明文件》，該文件稱中國僅僅在名義上是外蒙古的宗主國，實質上“使自治蒙古在內政問題上實際完全脫離中國而獨立。”但外蒙古僧俗上層對此仍不滿意，其代表團團長三音諾顏汗“通知沙皇政府，博克多格根政府不承認對中國的從屬關系。”這里，博克多格根即是哲布尊丹巴。可見，此時外蒙古上層執意尋求獨立，不愿與中國再發生任何關系。

　　外蒙古醞釀獨立建國之時，正是中國國內人心思變，革命方殷之際。1911年廣州黃花崗轟轟烈烈，“草木為之含悲，風云因而變色。”其雖未成功，但天下震動，對邊疆外蒙古地區也產生了影響。而辛亥革命在宣傳上不能不說有其弊病，如鄒容的《革命軍》一書中所說的蠻夷異種就包括蒙古人，他說：“使成吉思汗、覺羅福臨等，以游牧賤種，入主中國，以羞我始祖黃帝于九泉。”“當共逐君臨我之異種” 。

　　由于革命宣傳有弊，故外蒙古僧俗大眾更加不理解革命，“一般人認為‘韃虜’不僅限于滿洲人，蒙古人也是在被打倒的范圍之內。”由于他們敵視革命黨，又不理解革命的意義。所以他們不免對革命發生誤解，把革命黨看作“是無法無天，破壞一切傳統，尤其是反對佛教正法，而視為惡魔之流。”武昌起義爆發后，外蒙古上層擔心黃教也在被打倒之列。故他們文檄各蒙古盟旗，稱：“我蒙古亦應聯合各盟，自立為國，以便保我黃教，而免受權力壓制之苦。”(恥于是，為保黃教起見，他們本來不愿臣服于清廷，更不愿加入變更國體的中華民國了。從此，他們脫離中央，走向了獨立。

　　外蒙獨立，內蒙各部及在京的蒙古王公也終日惶恐不安。在京的蒙古王公，由那王喀喇沁王博公等數十人發起成立了蒙古聯合會，該會也以“保護黃教為名”，宣傳其政治主張以擴大政治影響。不久，外蒙古號召內蒙古各盟旗響應獨立，并加入其政府。哲里木盟扎薩克圖旗郡王烏泰，于1912年8月響應了外蒙古，宣布獨立。他散發了《東蒙古獨立宣言》，聲稱：“近察中國的形勢，廢孔孟之教，主張殖民蒙古。既廢孔孟之教，豈獨保存佛教?”換言之，蒙古人不管是外蒙古還是內蒙古，同樣關心黃教的命運。遂把保存黃教作為其獨立的一個因素。

　　1912年以后，外蒙古實質上脫離了中國。在外蒙古治下，其“寺院封建主的特權愈加大了。”他們達到了保護黃教的目的。

　　四黃教這一宗教信仰已成為近代蒙古民族自我認同的一個重要方面，其強化了蒙古民族的基本特征，故怎樣保護及光大黃教成為外蒙僧俗所關心的大問題，其影響大局甚著，關乎外蒙古的何去何從。晚清，由于清政府對外蒙古黃教采取了壓抑政策，引起外蒙古僧俗各界的不滿。

　　外蒙古還受到西藏地方的影響，尤其是宗教領袖達賴喇嘛受到不當的懲處，令他們對清政府更加憤恨和疑懼。結果，在西藏發生騷亂的時候，外蒙古也積極謀劃獨立。外蒙古獨立后，為共同保護黃教，其與西藏地方當局聯合起來訂立同盟，遙相支持。

　　外蒙古獨立還受到辛亥革命的影響，他們怕君主專制政體不再，禮教相應地坍塌，黃教也會遭到取締，所以他們更不愿意加入中華民國。

　　綜上，外蒙古僧俗之所以走上脫離中國的道路，其中黃教的影響因素甚大。當然除了這一因素外，還有晚清政府對外蒙施政的不善引起了他們的驚恐和極大不滿。當時，面對俄國對外蒙的垂涎與干預，清政府改變以往對外蒙古放任不問的政策，轉而想經營布置，通過新政擴充中央力量以抵御俄國的入侵，但這一政策卻并非為外蒙各界所樂從。另外，中央措置一切，與外蒙不能和衷共商，外蒙古上層喇嘛王公遂不能理解這一政策，將其不僅看作是政治問題，也看作是宗教問題，認為清政府“大為藐視佛教”。最終，宗教與政治相互影響形成合力，外蒙古僧俗上層遂走向獨立，成立“大蒙古國”。