由蘋果黑腐皮殼菌（Valsa mali）引起的蘋果樹（Malus pumila）腐爛病嚴(yán)重制約中國(guó)蘋果產(chǎn)業(yè)的發(fā)展,全面解析黑腐皮殼菌的致病分子機(jī)制為該病害的有效防控提供重要理論依據(jù)。pH響應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子PacC在蘋果黑腐皮殼菌侵染致病過(guò)程中起重要作用。為了揭示其轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制,利用RNA-seq技術(shù)對(duì)蘋果黑腐皮殼菌野生型菌株03-8和PacC基因敲除突變體ΔVmPacC在蘋果枝條上的基因表達(dá)譜進(jìn)行分析。結(jié)果顯示蘋果黑腐皮殼菌在前期侵染和后期侵染過(guò)程中分別有238和449個(gè)差異表達(dá)基因（differentially expressed genes, DEGs）。GO富集分析表明,DEGs主要參與碳水化合物代謝、氧化還原、跨膜運(yùn)輸、多糖代謝生物過(guò)程。KEGG富集分析表明,DEGs集中在淀粉和蔗糖代謝、氰基氨基酸代謝、戊糖和葡萄糖醛酸轉(zhuǎn)換通路途徑,這些途徑上的差異基因多與植物細(xì)胞壁多糖（plant cell wall polysaccharide, PCWP）降解有關(guān)。將與PCWP降解相關(guān)基因的氨基酸序列提交到病原寄主互作（Pathogen Host Interactions, PHI）數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)...

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圖3 差異表達(dá)基因韋恩圖

對(duì)PacC和WT轉(zhuǎn)錄組比較篩選出的DEGs進(jìn)行KEGG通路分析，PacC-H和WT-H比較篩選出的DEGs被富集到42條通路途徑中，其中戊糖和葡萄糖醛酸轉(zhuǎn)換(mgr00040,9個(gè))富集最顯著，其次是淀粉和蔗糖代謝(mgr00500,10個(gè))、氰基氨基酸代謝(mgr00460....

圖4 差異表達(dá)基因的GO功能富集分析

PCWP降解酶作為病原菌降解植物細(xì)胞壁的重要武器，在真菌致病過(guò)程中發(fā)揮重要作用。數(shù)據(jù)顯示，在PacC-H和WT-H比較篩選出的DEGs中，有14個(gè)DEGs參與戊糖和葡萄糖醛酸轉(zhuǎn)換、氰基氨基酸代謝、淀粉和蔗糖代謝過(guò)程，這14個(gè)DEGs中有13個(gè)與PCWP降解相關(guān)，其中8個(gè)DEGs上....

圖2 差異表達(dá)基因火山圖

圖3差異表達(dá)基因韋恩圖2.5致病相關(guān)基因的鑒定

圖1 樣品的采集示意圖

KEGG(KyotoEncyclopediaofGenesandGe-nomes)(http://www.genome.jp/kegg/)是系統(tǒng)分析基因功能、基因組信息數(shù)據(jù)庫(kù)(Kanehisaetal.,2008)，通過(guò)KEGG富集分析來(lái)確定DEGs參與的最主要生....

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