目的:本研究旨在從HMGB1基因范圍內篩選出與HBV感染所致急性肝衰竭密切關聯的標簽SNP位點和單倍型,進行關聯研究分析,由此可能提供一種新的立足于基因的預測方法,可以對HBV感染所致急性肝衰竭易患性進行早期預測,為臨床醫生提供預警信息。方法:通對HMGB1基因進行系統掃描并查詢大量國內外相關文獻,確定7個SNP位點,由1000Genomes數據庫下載中國北京漢族人群的SNP基因分型數據,利用Haploview軟件進行連鎖不平衡分析,構建該基因的單倍型并進行標簽SNPs的篩選。選擇2012年9月至2018年12月我院住院或門診診治的急性肝衰竭患者64例,男33例,女31例,平均年齡(39.14±8.28),樣本符合本課題納入標準,收集樣本需獲得受試者的知情同意。以數據庫源信息作為對照組,采用一代測序法對疾病組的SNPs進行基因分型,SPSS19.0軟件分析標簽SNPs的基因型、等位基因及單倍型在兩組中的分布差異。結果:通過查找發現HMGB1基因在人類第13號染色體上,所獲取的HMGB1基因序列范圍內共構建5種常見單倍型(C-C、T-G、G-T-A-A、G-C-G-C、C-C-G-C)和3個標簽SNPs(rs1045411、rs2249825、rs1412125),其中rs2249825和rs1412125的基因型、等位基因頻率在疾病組與對照組分布存在統計學差異(P0.05),由rs2249825、rs1412125、rs9508752、rs2892547位點構建的單倍型G-C-G-C、C-C-G-C頻率在中兩組分布有統計學差異(P0.05)。結論:HMGB1基因多態性與HBV感染致急性肝衰竭顯著相關,其中所構建的單倍型包括G-C-G-C、C-C-G-C(rs2249825-rs1412125-rs9508752-rs2892547),挑選的標簽SNPs包括rs2249825、rs1412125。以上單倍型均可能增加患HBV感染致急性肝衰竭的風險,且挑選的標簽SNPs攜帶C等位基因的人群也可能增加HBV感染致急性肝衰竭的易感性。
【學位單位】：山西醫科大學
【學位級別】：碩士
【學位年份】：2019
【中圖分類】：R575.3
【部分圖文】：

山西醫科大學（博）碩士學位論文2 結 果從 1000Genomes 數據庫查得 HMGB1 基因在人類第 13 號染色體上，獲取中北京漢族人群（CHB）的 7 個 SNP 位點基因分型數據，其中 MAF 有 6 個＞0.05rs1360485 未在該人群中找到。所獲取的 HMGB1 基因序列范圍內共 2 個單倍域Block1 全長 3kb，有 2 個 SNP 位點（rs1045411 和 rs3742305），構成 2 種常見倍型（C-C 和 T-G），第 1 位點是標簽 SNPs（即 rs1045411）；Block2 全長 5k有 4 個 SNP 位點（rs2249825、rs1412125、rs9508752 和 rs2892547），構成 3常見單倍型（G-T-A-A、C-C-G-C 和 G-C-G-C），第 3、4 位點是標簽 SNPs（即 rs2249和 rs1412125）。疾病組的 rs1360485 因 MAF＜0.05 也被排除（見圖 2-1、2-2）

山西醫科大學（博）碩士學位論文2 結 果從 1000Genomes 數據庫查得 HMGB1 基因在人類第 13 號染色體上，獲取中北京漢族人群（CHB）的 7 個 SNP 位點基因分型數據，其中 MAF 有 6 個＞0.05rs1360485 未在該人群中找到。所獲取的 HMGB1 基因序列范圍內共 2 個單倍域Block1 全長 3kb，有 2 個 SNP 位點（rs1045411 和 rs3742305），構成 2 種常見倍型（C-C 和 T-G），第 1 位點是標簽 SNPs（即 rs1045411）；Block2 全長 5k有 4 個 SNP 位點（rs2249825、rs1412125、rs9508752 和 rs2892547），構成 3常見單倍型（G-T-A-A、C-C-G-C 和 G-C-G-C），第 3、4 位點是標簽 SNPs（即 rs2249和 rs1412125）。疾病組的 rs1360485 因 MAF＜0.05 也被排除（見圖 2-1、2-2）
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本文編號：2863563