病毒的遺傳進化和重組對病毒的傳播、感染及致病有重要作用。本文使用進化生物學的經典方法對不同嗜性和亞型的HIV-1以及甲型H1N1(A/H1N1)流感病毒的適應性進化進行了研究,對HIV-1的重組分析方法進行了評價,并對HIV-1 CRF03_AB重組結構進行了重新分析。其主要結果如下: 1.通過對不同細胞嗜性HIV-1 B和C亞型的全基因組進行適應性進化分析,我們發現R5和X4病毒經歷了不同的進化方式,且不同的HIV-1基因受到不同的選擇壓力,意味著復雜的自然選擇壓力驅動HIV-1的進化。分析HIV-1 Gp120高變區上的正選擇位點發現,相對于其它高變區,更多的正選擇位點發生在B亞型X4病毒的V3區,B亞型R5病毒的V2區以及C亞型X4病毒的V1和V4區域。因為這些區域通常影響和決定HIV-1的細胞嗜性,更多的正選擇發生在這些特殊的超變區意味著作用于Gp120上的選擇壓力與Gp120的受體識別和結合功能有關。在保守區的分析中發現,無論是B和C亞型,還是R5和X4型的病毒,更多的正選擇位點發生在Gp120的C3區域(33.3%-55.6%,P＜0.05),意味著先前...

【文章頁數】：82 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要 ABSTRACT 第一章 緒論
1.1 HIV概述
    1.1.1 HIV的基因組結構
    1.1.2 HIV的基因型
    1.1.3 HIV的流行概況
    1.1.4 HIV的復制過程
    1.1.5 HIV的進化
1.2 HIV-1細胞嗜性的研究進展
    1.2.1 HIV-1細胞嗜性與疾病發展的關系
    1.2.2 HIV-1細胞嗜性轉換的研究
1.3 HIV-1細胞嗜性在治療中的意義
1.4 本研究的目的和意義
1.5 本研究的主要內容 第二章 不同細胞嗜性HIV-1的全基因組適應性進化分析
2.1 引言
2.2 數據和方法
    2.2.1 序列收集和排序
    2.2.2 適應性進化分析方法
    2.2.3 統計分析
2.3 結果
    2.3.1 HIV-1主要基因的正選擇分析
    2.3.2 env基因上正選擇位點的鑒定
    2.3.3 gag和pol基因上正選擇位點的鑒定
    2.3.4 HIV-1的env基因上正選擇位點的定位分析
2.4 討論
本章小結 第三章 甲型H1N1流感病毒的適應性進化研究
3.1 引言
3.2 數據和方法
    3.2.1 序列收集
    3.2.2 系統發生分析
    3.2.3 適應性進化分析
3.3 結果
    3.3.1 甲型H1N1流感病毒的起源
    3.3.2 甲型H1N1流感病毒的進化距離分析
    3.3.3 甲型H1N1流感病毒的正選擇分析
    3.3.4 甲型H1N1流感在跨種傳播之前的遺傳分化分析
3.4 討論
本章小結 第四章 不同參數和不恰當的亞型參考序列對HIV-1 CRFS重組分析的影響
4.1 引言
4.2 數據和方法
    4.2.1 序列下載
    4.2.2 系統發生樹構建
    4.2.3 Bootscan分析
    4.2.4 統計分析
4.3 結果與討論
    4.3.1 重組分析中最適參數的確定
    4.3.2 最適亞型參考序列的選擇
4.4 HIV-1 CRF03_AB重組結構的重新分析
本章小結 第五章 結論與展望
5.1 結論
5.2 展望 參考文獻 致謝 攻讀碩士期間發表的論文



本文編號：3996712