1.審計意見表示與社會公眾的理解差距
    注冊會計師對上市公司財務報表出具的審計報告有四大類，即無保留意見的審計報告、保留意見的審計報告、否定意見的審計報告和拒絕表示意見的審計報告。注冊會計師根據獨立審計準則進行了審計，出具了恰當的審計報告，但在審計報告"不干凈"時(我們可以把標準無保留意見的審計報告以外的審計報告通稱為"不干凈"的審計報告)，財務報告的使用者往往認為審計報告是有問題甚至是錯誤的。如因審計范圍受到嚴重限制而出具的拒絕表示意見的審計報告，社會公眾往往這樣認為：審計范圍受到嚴重限制，為什么會受到限制?企業管理層都能對審計的項目進行控制，而注冊會計師在獲取足夠的證據時遭遇到了困難，肯定是企業高管有意隱瞞某些事實，或者故意設置某些障礙阻擾注冊會計師獲取足夠的審計證據，既然企業高管存在問題，就應出具否定意見的審計報告。更有意思的是，在"不干凈"的審計報告遭遇到公司的經營失敗或重大違法行為時，注冊會計師即便出具了恰當的審計報告，社會各界仍認為注冊會計師未勤勉盡職，因注冊會計師的"審計失敗"而導致他們利益受損，應追究注冊會計師的有關責任。
    2.內部控制制度基礎審計下的管理層舞弊的困境
    我們國家現階段審計職業界實行的是制度基礎審計，是一種以審查企業內部控制制度著手的審計方法。根據獨立審計準則，內部控制制度的建立、健全與執行有效性，是被審計單位的會計責任，企業管理當局有責任建立良好的內部控制制度。制度基礎審計的重點是對制度的各個控制環節審查，目的在于發現控制制度中的薄弱環節并找出問題發生的根源，然后針對這些環節擴大檢查范圍。企業管理當局是內部控制制度的設計者和執行者，那么在管理當局有意制造某些內控制度的假象時，良好的內部控制假象將讓注冊會計師收集較少的審計證據，注冊會計師往往很難發現管理舞弊。根據獨立審計準則，注冊會計師有責任發現和披露被審計單位的管理當局的重大舞弊，若沒有發現和披露管理當局的重大舞弊，是注冊會計師的過錯，應承擔過失責任。另外，在實際的工作中，對在審計中發現的管理舞弊，注冊會計師往往不是選擇披露，而是提醒企業有關管理高層改正，而且，審計工作中實際發現的重大管理舞弊與實際發生的重大管理舞弊之間存在很大差距。這樣，在公司管理當局，特別是公司最高管理當局與公司各利益群體串通舞弊時，注冊會計師往往是力不從心。
    3.公司治理結構中角色重合的困境
    所有權與經營權的分離是現代公司治理制度的一大特征，公司的最高權利機關是股東大會，在股東大會的基礎上選舉產生董事會，董事會對股東大會負責，代表股東的利益，董事會聘請企業高層管理人員對企業實施具體的經營管理。企業的所有權屬于股東，企業的經營權則授權給企業管理當局。股東是委托人，公司管理當局是代理人，股東委托公司管理當局對公司進行經營管理。在審計業務的委托代理關系中，股東委托審計機構鑒證公司管理當局經營業績，即股東是"委托人"，審計機構是"代理人"。管理當局與審計機構是獨立的，不存在任何的契約、利益關系，由"代理人"監督代理人的過程是可以保證其公正性的。我國現階段的現象是很多公司的高管本身就是董事會的重要成員，公司高管既對公司實施具體的經營管理，又名義上代表股東，在董事會中主宰著公司的重大決策，這樣使得公司高層為謀取自己的利益而損害廣大的投資者利益提供了廣闊的空間，內部人控制現象十分嚴重。董事會成員，企業高管部分成員二合一，使受托進行審計的審計構處于十分尷尬的位置，即“委托人”(董事會)委托審計機構對"委托人"(是董事會重要成員的高層管理人員)的會計責任予以認定或解除。審計機構在審計過程中很可能迫于"委托人"的壓力而作出妥協，出具欠適當的審計報告，造成了審計失敗。
    4.抽樣審計下的5%困境
    最初的審計是以詳細審計開始的，隨著社會的發展和審計目標的改變，科學的抽樣審計方法得到了廣泛應用。抽樣是統計學中的重要概念，與統計學界的一個重要魔數——5%有著干絲萬縷的聯系。根據雙尾假設測試(TWOTAILED HYPOTHESIS ——TEST)的統計所得出的結果，總體中有95%的值落在偏離中值為正負1.96標準差之間。許多的注冊會計師把可容忍的審計風險確認為5%，這是否意味著注冊會計師愿意接受簽發的100份審計報告中有5份以內的錯誤報告?假如某具有證券業資格的會計師事務所有20家證券業客戶，他們的可容忍審計風險是5%，那么，從總體上來說，該所每年出具的20份審計報告中有1份可能是錯誤的審計報告，就造成了審計失敗。在我國現階段，一次審計失敗可能對一個會計師事務所造成毀滅性的打擊。如在"瓊民源事件"中為"瓊民源"出具審計報告的是中華會計師事務所，在1998年5月1日證監查字[1998]36號中對中華會計師事務所的處罰也不算十分嚴重，"暫停證券業務資格6個月"，而且剛好是1998年5月1日開始至1998年11月1日結束，并未錯過年報預審。但在1998年度，中華所13家客戶當中有10家客戶更換到其他會計師事務所，最后，僅有3家仍然由中華會計師事務所簽發1998年的審計報告。
    5.法律法規的尷尬
    我國現階段財務會計法規的情況是:會計準則和財務通則并存。這樣使中國會計人員經常處于進退兩難境地，財務通則從某種程度上來說，是計劃經濟的產物，企業財務是政府財政的附屬物，政府往往規定了企業的各項財務活動。財務通則主要規范的是如壞帳計提、折舊年限和存貨計價方法等事項，并要求企業會計人員必須遵循之。注冊會計師要求對企業財務報告遵循會計準則和其他法規(包括財務通則)的程度發表意見。毫無疑問，這樣經審計的財務報表將會發生偏離。另外，財政部制定會計準則，但會計準則本身亟待完善，雖然我國頒布了不少具體會計準則，并在上市公司中開始執行統一的企業會計制度，但是基本會計準則與具體會計準則之間，各具體會計準則之間，在應用有關會計原則問題上存在著許多不相一致的地方。不斷修改頒布與新頒布的會計準則往往使企業的會計人員無所適從，這也給注冊會計師的審計帶來困難。
獨立審計準則的法律地位也是極為尷尬的。注冊會計師的執業準則是有中注協負責擬訂，報財政部批準后實施，中注協負責對獨立審計準則進行解釋，筆耕文化傳播，那么獨立審計準則是法規還是規章?有人認為《獨立審計準則》不過是民間制定的文本，在法律上沒有引為標準的效力。另外，1998年1月財政部頒布的《違反注冊會計師法處罰暫行辦法》規定:注冊會計師和會計師事務所、審計師事務所在執業中違反注冊會計師行業管理的法律、法規和規章應予行政處罰的，適用本辦法。行業協會制定的行業管理方面的文件，是否能歸結于法律、法規和規章?
還有，我國企業會計由財政部管理，會計師事務所由中注協管理，上市公司則由證監會監管。財政部頒布會計準則，中注協擬訂注冊會計師執業準則，證監會制定上市公司信息披露約有關規則，“會計準則”，“執業準則”，“信息披露規則”有時并不協調，這也給注冊會計師執業帶來了困難。
    6.知識的頻繁更新與會計師事務所的人員結構的兩極分化
    我國現在的會計師事務所一般都實行三級復核。嚴格的三級復核將有效地減少審計失敗的概率。一般而言，第三級復核者是會計師事務所的高層主管，一般由會計師事務所的主任會計師承擔。在審計工作底稿的重大問題的把握上，第三級復核者起著關鍵的作用。因此，嚴格的三級復核要求會計師事務所的高層主管有豐富全面的知識和良好的經驗判斷能力。我國早期的注冊會計師資格是通過考核取得的，年齡普遍偏大�，F在占據會計師事務所高層主管的大多是早期考核制下獲得注冊會計師資格的人員。我國近十年來證券市場得到了大力發展，各種法規制度不斷頒布和修政，知識更新非常頻繁。年齡老化的會計師事務所的高管是否能跟上知識更新的步伐?許多會計師事務所的第三級復核形同虛設，完全是走走形式而已并不能發揮真正的作用。   

 

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