由于農產品價格不斷走低，農民從農業生產得到的收入逐年減少。以1996年農產品收購價格總水平為100，2000年則只有74.4，下降了25.6%.兩年多來，農業結構戰略性調整取得了一定成效，主要體現在改善農產品品質、優化農業生產布局、實行農業產業化經營等方面。但是，農業結構戰略性調整中的"戰略性"還沒有體現出來。例如，大豆、花卉是在農業結構調整中要大力發展的作物。但是，大豆從東北運到南方受到交通網絡不發達、流通渠道不暢通的制約；花卉的空運費用是外國航空公司的6倍。這些都削弱了我國農產品的競爭力。畜牧業是農業結構調整中要大力發展的產業，但畜產品藥物殘留問題突出，而對這個問題的管理又分屬不同的部門。所以，目前的管理體制已經不適合農業結構戰略性調整的需要，要從宏觀上樹立農業和農村經濟綜合發展的思路及相應的制度架構，轉換農業部的功能，改變農業產前、產中、產后分割，農產品生產、銷售與生產資料供應部門分割，國內貿易與國際貿易分割的體制，消除部門分割和部門利益的格局；成立農業和農村綜合發展的領導機構，根據農村發展和農產品生產市場化和商品化的需求，將農業投入品、農產品生產、加工、運銷、質量標準檢測、動植物檢疫等，作為一體化的進程統一協調，建立從"田頭到餐桌"的農業管理體制；將農業生產、農民福利放在促進農村經濟、社會、文化綜合發展的大框架中統一考慮。要促進全國性的生產要素和產品市場的形成，從根本上改變城鄉分割的二元結構和消除地方保護主義，實現國內資源的優化配置。

二、拓寬就業門路，促進非農轉移

農村勞動力外出就業已經成為農村勞動力轉移的重要趨勢。從"推力"看，"十五"期間農村新增勞動力就業的壓力將達到高峰，但由于生產成本上升，農產品價格下跌，農業增收困難，而鄉鎮企業近年來吸納就業的能力又下降。從"拉力"看，農民外出就業可以獲得較高收入，城鎮和東部沿海經濟發達地區已經出現了較大的勞務市場，城鄉差異拉大。在促進農村勞動力外出就業方面，首先，要消除對農民外出就業的政策性歧視。這集中表現在戶籍管理制度的歧視上面。盡管戶籍制度已經有所松動，但一些地方沒有完全執行中央和國務院的規定，外出就業的農民還沒有可能在大中城市落戶。更重要的是，與戶籍制度相關的一些制度沒有被觸動，影響了戶籍制度改革的效果。一是就業制度。例如，一些地方對農民進城就業實行總量控制、用工審批、工種限制，以及收取各種管理費等。二是社會保障制度。外來民工一般不享受任何保險待遇，只有部分從事高危工種的民工才享受工傷保險。而且，對于外來民工的社會保障應當是由企業還是民工自己負擔沒有統一規定，即使有社會保障，外來民工在返鄉時也很難帶走。三是子女的教育制度。進入當地就業和生活的農民，如果沒有取得當地戶口，子女上學就要交納各種名義的不合理收費。
三、創新金融服務，改善農村信貸

目前，農村信用社已經成為農村金融的主力軍和聯系農民的金融紐帶，農民從事簡單再生產的信貸資金需要基本能得到滿足。
農業發展銀行要恢復種子貸款、林業貸款、農業綜合開發貸款、扶貧貸款等業務，開辦小城鎮建設貸款業務，農村票據交換業務，滿足農村經濟全面發展的資金需求。農村信用社業務種類少，不能滿足農村發展和農民的需要，也降低了自身的實力，原因在于存在著對農村信用社業務發展的歧視性規定。應當允許農村信用社代理財政性資金、社會保障資金、證券客戶交易保證金等的存款業務；允許農村信用社辦理銀行卡等結算工具，為農民提供及時便捷的服務；允許農村信用社開辦代理證券、代理保險等業務。

四、完善農村稅費改革，實行財政轉移支付

農村稅費負擔重。從1994年到1999年，全國農民人均純收入年均增長了12.6%，而農民人均承擔的各項農業稅、提留統籌費、社會負擔和兩工（積累工和義務工），卻分別增長了12.7%、10.3%、29.3%和1.9%.此外，農民負擔還出現了越來越復雜化、隱性化的趨勢。雖然農村稅費改革取得了一定成效，從安徽、江蘇等地的試點看，減負率一般在20%以上，但是，與發達國家比較，我國農民的負擔仍然比較重。我國可能是世界上唯一對農業和農民征收高額稅收的國家。發達國家中的主要農產品生產國不僅不向農民征收稅費，反而給予直接補貼。美國、歐盟對農民的補貼攤到每公頃耕地上分別為100-150美元和300-350美元；而我國的農業稅費攤到每公頃耕地上，約為100-150美元。這一正一負之間，每公頃的收入就相差200-500美元。我國農戶的經營規模本來就小，處于很不利的競爭地位；過重的稅費負擔進一步削弱了我國農業的國際競爭力。另外，我國對農民的支持政策的方式很不合理，效率低下。主要是國家花費了巨額的財政支出，對糧食流通環節進行補貼，農民得到的好處是間接的，并不明顯。

更進一步講，這種補貼方式在我國加入WTO后效果會更差，因為保護價將使國內價格維持在較高水平，從而使進口糧食有利可圖，使進口配額得以實現。這時，國家花費在糧食流通方面的高額補貼，在實質上將部分地轉變為對國外農民的補貼。所以，要減免農業稅費，同時改革我國對農民支持政策的方式，從對流通領域的支持轉變為對農民的直接支持。減免農業稅費的具體方法有兩種：一是在已經進行稅費改革的地方按比例減稅。即首先根據國家財力確定直接補貼額，筆耕文化推薦期刊，再根據直接補貼額與農業稅的計算基礎（常年產量與規定價格）確定直接補貼率，然后在農業稅率中減去直接補貼率即為實際需要征收的農業稅率。假如，稅費改革后的農業稅率是7%，如果直接補貼率確定為4%，則只需要征收3%的農業稅。隨著國家財力的增強，可逐步增加補貼強度，相應降低農業稅率。二是在沒有進行稅費改革的地方按稅費項目減免。可按照先后步驟，分別取消現行的農業稅、農業特產稅和屠宰稅；再取消教育費附加等。在這兩種方法中地方政府由于農業稅費減少而減少的財政收入，由上級政府的轉移支付彌補。也就是說，國家的補貼并不直接發放給農民，農民實際上得到的直接補貼是農業稅費的減少。這兩種方法極為便利和有效，在操作上不需要增加成本，而且國家每拿出一元錢都直接為農民所獲得，補貼效率高。上述稅費改革方案也具有財力上的可行性，因為2001年國家就增加財政收入近3000億元，而農民的稅費負擔總額不過1200億元左右。