研究內容一中國南方人群健康長壽基因的篩查和群體遺傳學研究目的:隨著社會的進步和醫療保健水平的提升,壽命延長是人類社會的必然趨勢。因此,世界各國都或多或少地面對著人口老齡化的問題,但是壽命的延長并不代表著老年人平均健康狀況的提升。長壽作為一個復雜的性狀,其形成是多種因素共同作用的結果。近年來的研究顯示,遺傳因素在長壽的形成中具有十分重要的作用。尋找長壽關聯的基因和變異,對于我們理解長壽形成的原因,降低老年性疾病的發生,保障老年人的健康,促進社會進入健康老齡化是非常重要的。方法:本研究共計納入受試者1635人,分別為健康長壽者1000人和同一地區一般人群的年齡對照者635人。受試者分別來自廣西健康長壽人群研究和中國老人健康長壽影響因素研究(CLHLS)。廣西健康長壽人群研究分為兩個觀測群體,巴馬群體和永福群體。巴馬群體包括156例長壽老人,116例對照個體;永福群體包括482例長壽老人,404例對照個體。CLHLS群體包括,362例長壽老人和115例對照個體。使用IlluminaHiSeq2500平臺對來自巴馬的100例長壽老人進行外顯子組測序,測序樣本中男性32例,女性68例。將測序結果與千人基因組計劃中國南方漢族(CHS)變異數據庫進行比對,尋找長壽關聯候選變異,并在巴馬群體和CLHLS群體中進行驗證。分析既往報道的長壽關聯變異在巴馬測序樣本中的等位基因分布,并在巴馬群體和CLHLS群體中進行驗證。分析與II型糖尿病,冠心病,卒中,阿爾茨海默癥,癌癥的關聯變異在巴馬長壽測序樣本中的等位基因分布,了解重大疾病相關變異在長壽人群中的分布。以千人基因組計劃中等位基因頻率0.01,外顯子組測序中等位基因頻率0.1為標準,篩選與長壽關聯的候選變異。在巴馬和永福群體中識別并驗證長壽關聯低頻變異,分析長壽關聯基因對長壽群體表型的影響。結果:將外顯子組測序得到的變異與千人基因組計劃CHS群體進行等位基因分布比較,以P＜10-7為顯著性標準,識別出以下變異與長壽相關:MUC4rs199822551,MUC4 rs79358488,MUC4rs71635077,MUC4rs201141296,MUC4 rs72499650,PRIM2 rs62415470,MUC3A rs77036391,MUC3A rs78164286,MUC6 rs34844844,MUC19 rs2452315,PARP4 rs201405094.AHNAK2 rs2582506 和 M4P2K3 rs55935757。在巴馬長壽和對照人群中對以上陽性變異進行驗證,發現MUC19 rs2452315,AHAK2rs2582506和MAP2 3 rs55935757 與長壽關聯。利用巴馬長壽群體與CLHLS數據進行Meta分析,結果顯示MAP2K3rs55935757(P=1.031×1O-7,OR:1.755,95%CI:1.427-2.159,120.001)與長壽關聯。分析LongevityMapdatabase中的長壽相關變異,本次外顯子組測序中存在的變異有36個。將測序結果與CHS群體進行比較研究,發現FOX03rs9400239,PAX4rs712700,CGNLlrs1280396和APOE rs440446;將巴馬群體與 CLHLS 合并進行 Meta 分析,顯示APOE rs440446(P=0.030,OR:1.251,95%CI:1.022-1.531,I2:64.82)與長壽關聯。在GWASCentral中檢索II型糖尿病,冠心病,卒中,癌癥,阿爾茨海默癥的關聯變異,對檢索到的18個位點進行分析,與千人基因組計劃CHS群體等位基因分布相比,未發現顯著差異。在巴馬群體中對篩選出73個長壽關聯候選低頻變異進行分型,發現TAS1R2rs200812417,TTN rs4893852,TTN rs13398235,APOB rs13306187,WNT10A rs147680216,ANKRD28 rs77003664,TMEM156 rs2276887,FAM13A rs41284761,PDHA2 rs35423663,PRDM5 rs146228268,ABHD18rs560511632,CEP44 rs150156902,ERAP1 rs27985,ASPH rs183457686,EPB41L4Brs149000673,DAB2IPrs202232151,H1FNTrs2732441,ZFN641 rs2634680,ZFN641 rs2732481,ATP5G2rs17101603,RTN1 rs201516762,GALNS rs2303269和MPP3rs17742683與長壽關聯。在永福群體中發現ZFN641 rs2732481和ATP5G2rs17101603與長壽關聯。將巴馬和永福群體合并后進行Meta分析,發現TTNrs4893852,TTNrs 13398235,TMEM156rs2276887,PDHA2 rs35423663,ABHD18rs560511632,EPB41L4Brs149000673,ZFN641 rs2732481,ATP5G2rs17101603和RTN1 rs201516762與長壽相關。進一步分析發現,TMEM156 rs2276887,PDHA2 rs35423663,ABHD18 rs560511632,EPB41L4B rs149000673,ZFN641 rs2732481 和ATR5G2 rs17101603 與男性長壽相關,TTN rs4893852,TTNrs 13398235,TMEM156rs2276887,ZFN641 rs2732481,ATP5G2 rs17101603 和 RTNI rs201516762 與女性長壽相關。結論:發現MAP2K3rs55935757C/T與中國人群長壽相關。驗證APOE rs440446 C/G與中國人群長壽相關。長壽人群重大疾病風險等位基因攜帶率低于一般人群。在巴馬和永福長壽群體中發現TTN Vrs4893852,TTN rs13398235,TMEM156 rs2276887,PDHA2 rs35423663,ABHD18 rs560511632,ZNF641 rs2732481,ATP5G2 rs17101603和RTN1rs201516762與長壽相關,這些位點的次要等位基因是長壽的保護因素。研究內容二強直性脊柱炎疾病關聯低頻變異的識別研究目的:強直性脊柱炎(ankylosingspondylitis,AS)是一種的影響脊柱和骶體關節的慢性炎癥,呈現明顯的家族聚集性。AS屬多基因遺傳性疾病,目前研究認為AS的發生與遺傳、感染及環境等因素相關。多次全基因組掃描研究結果均顯示6號染色體的HLA基因區域與AS的關聯最強。HLA-B27是迄今已知的與AS關聯性最強和最典型的基因。同時這些研究結果提示HLA Class III區域與強直脊柱炎相關。本組前期經定位克隆技術精確定位顯示,HLA Class III區域內約58K的基因區塊與AS關聯,隨著研究的深入,本組發現TNFα(rs1799724)及LTA(rs909253)與AS關聯。我們推測,在HLAClassⅢ區域內還存在未發現的AS關聯基因。本研究旨在用來自北京,吉林和寧夏的AS病例和對照組識別和驗證前期NGS發現的低頻變異是否與AS存在關聯。方法:收集901例強直性脊柱炎患者和956例健康正常對照外周血標本。其中吉林患者136例,對照148例對照;北京患者269例,對照257例;寧夏患者496例,對照551例。強直性脊柱炎患者的診斷均符合美國風濕病學會1984年修訂的風濕病分類標準。使用高分辨率熔解曲線技術對rs13202464,rs4418214,HCP5 rs192776040,AIF1rs369457101,BAG6 rs201165258,C2 rs574394257,SKIV2L rsl44147284和TNXB rs141190850進行基因分型,匯總3個群體的結果,使用SPSS軟件,分析其與中國北方人群AS的相關性,并探討其與HLA-B27之間的關系。結果:在吉林,北京和寧夏三個群體中均發現rs13202464,rs4418214,HCP5 rs192776040,AIF1 rs369457101,BAG6 rs201165258,C2 rs574394257,SKIV2L rs144147284和TNXBrs141190850等位基因及基因型在病例和對照間分布具有顯著差異(P0.05)。8個位點的顯性模型分析顯示,攜帶各位點次要等位基因均可增加強直性脊柱炎風險(P0.05)。以是否攜帶次要等位基因進行分組,使用逐步后退法進行Binary Logistic回歸分析后發現,rs13202464與中國北方人群AS 發生正相關(#=1.797,P=5.923X10-36.ORadj:6.029,95%CI:4.551-7.988);rs4418214與中國北方人群AS發生正相關(β=1.764,P=5.000X10-30,ORadj:5.833,95%CI:4.306-7.903);HCP5rs192776040 與中國北方人群 AS 發生正相關(β=3.488,P=4.675X 10-33,ORadj:32.708,95%CI:18.484-57.877);C2 rs574394257 與中國北方人群 AS 發生正相關(#=0.752,P=0.030,ORadj:2.121,95%CI:1.074-4.191);T XB rs 141190850 與中國北方人群 AS 發生正相關(β=1.841,P=0.001,ORadj:6.301,95%CI:2.133-18.610)。對 8 個位點進行連鎖不平衡分析,發現在本研究分析區域中存在兩個Block,由AIF1rs369457101,BAG6 rs201165258 和 C2rs574394257 構成 Block 1,SKIV2L rs144147284 和 TNXB rs141190850構成Block 2,其余各位點之間不存在連鎖不平衡。合并所有樣本,對兩個Block進行單倍型分析,對于頻率低于0.03的單倍型不納入分析。在Blockl中,存在兩個單倍型,CAT和TGG。CAT單倍型在病例和對照組的分布存在顯著差異(P=1.015X10-29,OR:0.157,95%CI:0.109-0.226),TGG 單倍型在病例和對照組中的分布存在統計學差異(P=2.889X 10-25,OR:14.064,95%CI:7.359-26.878)。在Block2中,存在兩個單倍型,GA和AG。GA單倍型在病例和對照組的分布存在顯著差異(P=2.763X 10-16,OR:0.060,95%CI:0.024-0.150),AG單倍型在病例和對照組中的分布存在統計學差異(P=1.939X 10-12,OR:13.894,95%CI:5.011-38.523)。在 HLA-B27+組中,攜帶 rs4418214 G 等位基因,HCP5 rs192776040T 等位基因,AIF1rs369457101 T 等位基因,BAG6rs201165258 G 等位基因,C2rs574394257 G等位基因可增加AS風險(P0.05)。在HLA-B27-組中,攜帶 rs4418214 G 等位基因,HCP5 rs 192776040 T 等位基因,AIF1 rs369457101 T等位基因可,BAG6rs201165258 G等位基因,C2 rs57439425.7 G等位基因,TNrs 141190850 A等位基因可增加AS風險(P0.05)。結論:在中國北方人群中,發現HCP5rs192776040,AIF1rs369457101,BAG6 rs201165258,C2rs574394257,SKIV2L rs144147284 和 7NXBrs141190850 可能獨立于/HLA-B27與AS關聯,攜帶這些位點的次要等位基因可以增加AS的風險。
【學位單位】：北京協和醫學院
【學位級別】：博士
【學位年份】：2018
【中圖分類】：R593.23
【部分圖文】：

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【參考文獻】

相關期刊論文 前3條

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本文編號：2891497