從白樺轉錄組數據庫中篩選出45條AP2/ERF家族蛋白,對其蛋白序列進行生物信息學分析和系統進化分析。結果表明,白樺AP2/ERF蛋白除了分為AP2、ERF、RAV和soloist家族外,還有2條蛋白不屬于這些家族;不同組別白樺AP2/ERF蛋白在理化性質上存在差異;白樺AP2/ERF蛋白都含有磷酸化位點,但含有磷酸化位點的數量和種類上都有差異;白樺AP2/ERF蛋白大都定位在細胞核里,它們主要在細胞核中對下游基因進行轉錄調控;同一家族蛋白具有相同的三級結構及相同的motif,不同家族之間則存在差異。分析結果為白樺ERF基因功能研究提供參考。

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【部分圖文】：

圖1白樺和擬南芥AP2/ERF家族蛋白的系統進化樹

對篩選出的45條白樺AP2/ERF蛋白序列和分布在AP2/ERF各家族的45條擬南芥蛋白序列進行多序列比對及系統進化分析(圖1)。與擬南芥的分類結果相似,白樺AP2/ERF超家族蛋白在AP2家族、ERF家族、RAV家族和soloist家族中都有成員分布,ERF家族蛋白根據保守序列....

圖2不同家族AP2/ERF蛋白的三級結構預測

由圖2可以看出DREB亞家族的A4、A5、A6和ERF亞家族的B1、B2、B3、B4、B5、B6組的三級結構相似,都含有3個β折疊和1個α螺旋,因為它們同屬于ERF家族,只含有1個AP2結構域;AP2和RAV家族蛋白的三級結構較ERF家族復雜,因為AP2家族含有2個AP2結....

圖3AP2結構域的基序

通過MEME在線軟件分析白樺AP2/ERF家族蛋白序列motif,預期元件數量設置為5,搜索到5個AP2/ERF蛋白保守結構域的motif(圖3)。其中motif1為RAYD,motif2為YRG,這2個motif是AP2/ERF家族蛋白的保守結構域。除ERF36外的所有白樺....

圖4白樺AP2/ERF蛋白基序

圖3AP2結構域的基序從圖4可以看出,除ERF38只包含motif1和motif2外,DREB亞家族的A4～A6組和ERF亞家族的B1～B6組蛋白都同時包含motif1、motif2和motif3。說明ERF家族蛋白的保守結構域相似。AP2家族成員都包含motif....

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