目的:肺腺癌(ADC),作為非小細胞肺癌(NSCLC)的一個組織學亞型,占所有肺癌確診病例的40%,也是肺癌中最常見的組織學類型。本研究通過對GEO及TCGA肺腺癌基因表達譜的分析,挖掘出與肺腺癌預后負相關的中樞上調基因,并且對其進行m RNA水平及蛋白水平的驗證,本研究的目的在于找出新的肺腺癌生物學標記物及潛在的分子治療靶點,以改善肺腺癌患者的生存質量。方法:本研究分為生物信息學分析及實驗驗證兩部分。第一部分中,我們從GEO數據庫下載了三個肺腺癌數據集的基因表達譜-GSE10072(腫瘤58例,正常49例)、GSE43458(腫瘤80例,正常30例)、GSE83213(腫瘤11例,正常46例),我們還通過RTCGA數據包在R語言環境中下載了TCGA肺腺癌數據集的基因表達譜(腫瘤517例,正常59例)。然后我們運用limma包及edge R分別對GEO的三個數據集及TCGA數據集進行了差異基因的篩選,并運用STRING數據庫及Cytoscape可視化工具挑選出了一系列中樞上調基因。將這些中樞上調基因在TCGA中做了生存分析,最終得到了與患者預后負相關的中樞上調基因。第二部分中,我們將第...

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【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1.1反映四個數據集中差異基因的火山圖

天津醫科大學碩士學位論文越明顯。由圖1可見三個GEO數據集中的上下調基因分布較為均勻，而TCG數據集中的上調基因較下調基因多，且差異倍數也較為明顯。圖1.2為每個數集篩選得到的差異基因熱圖（TCGA的熱圖因基因太多故只展示了前50個基因其橫坐標為樣本名稱，縱坐....

圖1.2反映四個數據集中差異表達基因的熱圖

圖1.3反映四個數據集共同上下調基因的韋恩圖

圖1.3反映四個數據集共同上下調基因的韋恩圖表1.2在GSE10072、GSE43458、GSE83213和TCGA中篩選出的共同DEGsDEGsGenenamesUp-regulatedMMP7,CXCL13,COL1A1,F2RL1,TOX3,....

圖1.4Cytoscape篩選得到的中樞基因及篩選中樞上調基因的韋恩圖

15圖1.4Cytoscape篩選得到的中樞基因及篩選中樞上調基因的韋恩圖

本文編號：3996146