目的 :分析并鑒定STGC3基因轉錄調控元件,探討鼻咽癌STGC3基因的轉錄調控分子機制。方法 :運用生物信息學,預測并分析STGC3基因核心啟動子區的轉錄因子結合位點;將相關轉錄因子結合位點,制備3種探針即生物素標記野生型、突變型及未標記野生型;提取CNE2細胞核蛋白,利用電泳遷移率變動分析(EMSA)及染色質免疫共沉淀(ChIP)分析,體內外鑒定轉錄因子結合位點。結果 :在STGC3基因核心啟動子區存在21個轉錄因子結合位點,其中9個為Sp1轉錄因子結合位點;進一步嚴格限定參數,STGC3基因核心啟動子區域含有轉錄因子結合位點5個,其中Sp1轉錄因子結合位點2個;EMSA和ChIP實驗結果顯示,STGC3基因中存在轉錄因子Sp1特異性結合位點,從而鑒定出STGC3基因轉錄調控元件。結論 :STGC3基因核心啟動子區含有Sp1特異性結合位點,為該基因的轉錄調控元件。

【文章頁數】：6 頁

【部分圖文】：

圖1參數默認時，STGC3基因核心啟動區轉錄調控元件預測結果

AliBaba2.1、TESS和TFSEARCH3種在線軟件，預測并分析STGC3基因核心啟動子-934～-653bp區域序列內存在的轉錄調控元件。結果顯示，該基因核心啟動區域內存在轉錄調控元件較多，綜合分析預測結果，確定以AliBaba2.1軟件預測結果作為本實驗結果。....

圖2嚴格限定參數后，STGC3基因核心啟動區的轉錄調控元件預測結果

下劃線為Sp1核心序列；方格中為突變堿基；WtSp1為未標記的野生型探針；Biotin-MtSp1為生物素標記的突變型探針；Biotin-WtSp1為生物素標記的野生型探針（圖3）。圖3人工合成的Sp1寡核苷酸雙鏈探針序列

圖3人工合成的Sp1寡核苷酸雙鏈探針序列

圖2嚴格限定參數后，STGC3基因核心啟動區的轉錄調控元件預測結果2.3ChIP鑒定STGC3基因轉錄調控元件

圖4EMSA鑒定STGC3基因轉錄調控元件結果

采用ChIP進一步鑒定STGC3基因核心啟動區存在轉錄調控元件。實驗中為排除可能出現假陽性或假陰性結果，實驗分5組，分別是陽性對照組，即沒有用抗體處理的含有總基因DNA的imput，陰性對照組是用IgG處理的DNA，同時設AntiPolymeraseⅡ和Noantibody組排....

本文編號：4004226